Theo dự trù ban đầu, Đức Hồng Y tổng trưởng sẽ thăm Nepal từ ngày 15 đến 19. Tuy nhiên, Bộ Ngoại giao của nước này khuyến cáo rằng thời gian chuyến viếng thăm của Đức Hồng Y là không thích nghi.
Nepal đã trải qua một cuộc tranh luận căng thẳng về một hiến pháp mới, đặc biệt là những chính sách liên quan đến tự do tôn giáo. Những người theo Ấn Giáo, tôn giáo lớn nhất tại quốc gia này đòi hỏi Ấn Giáo phải được công nhận là quốc giáo của Nepal, và nhà nước phải hạn chế quyền tự do tôn giáo của các tôn giáo thiểu số, bao gồm cả Công Giáo và Phật Giáo. Đặc biệt cấm không được cải đạo cho những người Ấn Giáo.
Kể từ tháng Tám hàng loạt những vụ bạo động gây ra bởi các thành phần Ấn Giáo quá khích đã làm hàng chục người thiệt mạng. Chính phủ Nepal, do đó, lo sợ rằng chuyến thăm theo dự trù của Đức Hồng Y Filoni có thể làm bùng lên sự cạnh tranh tôn giáo quyết liệt hơn.
Tờ Hindustan Times số ra ngày 17 tháng 9 cho biết hai quả bom “cường độ thấp” đã phát nổ tại hai nhà thờ ở Nepal sau khi các nhà lập pháp của quốc gia này quyết định rằng đất nước sẽ vẫn là một nhà nước thế tục. Các truyền đơn với nội dung quá khích của người Ấn Giáo đã được tìm thấy tại hiện trường của cả hai vụ nổ.
Cho đến năm 2008, quốc gia trên dãy Hi mã lạp sơn này vẫn là một nhà nước Ấn giáo.