Ngài ra lệnh triệu tập toàn thể các giám mục của Chile đến Rome để giải quyết vấn đề, và đồng thời mời các nạn nhân đến gặp Ngài.
Đề cập đến cuộc điều tra cuả tổng giám mục Malta là Charles Scicluna thực hiện ở Chile, ĐGH nói rằng sau khi "đọc kỹ lưỡng" bản báo cáo, "tôi có thể khẳng định rằng tất cả các lời khai đã nói lên một cách thẳng thắn, không thêm bớt gia vị hoặc làm cho dịu ngọt hơn, thì đã có nhiều cuộc đời đã bị treo lên thập giá và tôi thú nhận rằng điều này gây cho tôi đau đớn và xấu hổ. "
Đức Phanxicô thừa nhận ngài đã đánh giá sai lầm một cách nghiêm trọng về vụ việc, ngài nói với các giám mục của Chile rằng "tôi đã sai lầm nghiêm trọng trong việc phán đoán và việc nhận thức tình hình, đặc biệt là do sự thiếu thông tin trung thực và cân bằng."
Ngài yêu cầu các giám mục "thông báo ra ngoài một cách trung thực” điều nhận thức này, và ngài xin lỗi tất cả những ai có thể đã bị xúc phạm.
Ngoài ra, ngài triệu tập tất cả 32 giám mục của Chile đến Rome để thảo luận về những kết luận của bản báo cáo trong tuần thứ ba tháng năm, họ sẽ thảo luận về các kết luận của bản báo cáo và những kết luận của chính giáo hoàng về vấn đề này.
Trong bức thư, ký ngày 8 tháng 4, Chuá Nhật Lòng Thương Xót, đức Phanxicô cho biết ngài muốn cuộc họp là một cuộc họp trong "tình anh em, không có định kiến hoặc những ý tưởng được nghĩ trước, với mục tiêu duy nhất là làm cho sự thật tỏa sáng trong cuộc sống của chúng ta."
Quyết định triệu tập một hội nghị giám mục toàn bộ đến Roma là một biến cố đáng kể, chưa từng xảy ra trước tháng 4 năm 2002, khi Thánh GH Gioan Phaolo II hội họp với 12 trong 13 Hồng Y cuả Mỹ, mà 8 vị là người đứng đầu những giáo phận lớn, và 2 đại diện cấp cao của Hội Đồng các GM HK tại Vatican để giải quyết cuộc khủng hoảng lạm dụng tại Hoa Kỳ, và lúc đó vị thánh GH đã nói với các GM Mỹ là họ đã xử lý tình huống sai.
Trong một tweet sau cuộc họp báo ngày 11 tháng 4 nói về lá thư ở Chile, ông Jaime Coiro, phát ngôn viên của hội đồng giám mục Chile, nói rằng trong những tuần tới DGH Phanxicô sẽ gặp riêng một số nạn nhân ở Chile, để yêu cầu mỗi một cá nhân sự tha thứ.
Tuyên bố với các phương tiện truyền thông, ông Coiro công nhận đã có những thiệt hại cho những nạn nhân vị thành niên, ông nói rằng "chúng tôi đã không thể chăm sóc cho họ đầy đủ." Trogn những tuần tới đây, ông nói, sẽ là "một đổi mới mạnh mẽ của ơn gọi và sứ mệnh của" giáo hội ở Chi-lê.
Lá thư của DGH được gửi đi sau khi TGM Scicluna kết thúc chuyến viếng thăm Hoa Kỳ và Chile trong những ngày 19-25 tháng 2 để điều tra các cáo buộc về sự sơ suất của giám mục Juan Barros của Osorno, là đã bao che cho người bạn thân lâu năm là linh mục Fernando Karadima.
Trong chuyến thăm tại chỗ, TGM Scicluna đã phỏng vấn 64 người liên quan đến những lời buộc tội và biên soạn một bản báo cáo dài 2300 trang, và gửi lên DGH ngày 20 tháng 3.
Nhắc lại năm 2011, LM Karadima đã bị Bộ Giáo Lý Đức Tin kết tội lạm dụng tình dục nhiều trẻ vị thành niên trong thập niên 1980 và 1990, và bị kết án phải sống ẩn và cầu nguyện.
Những người chống GM Barros thì rất ‘lớn tiếng’ kể từ khi ngài được bổ nhiệm năm 2015 để hướng dẫn giáo phận Osorno. Nhiều người, bao gồm một số nạn nhân của lm Karadima, buộc tội vị giám mục bao che sự lạm dụng, và đôi khi cũng có tham gia.
Ngoài GM Barros, các nạn nhân cũng buộc tội ba giám mục khác đã thân thiết với LM Karadima, là GM Andrés Arteaga, Tomislav Koljatic và Horacio Valenzuela.
Trước các cuộc biểu tình, GM Barros đã kêu rằng mình vô tội, nói rằng ngài không hề biết các viện vi phạm. DGH Phanxicô ủng hộ GM Barros, và không cho phép GM Barros từ chức mặc dù vị giám mục đã gửi thư từ chức nhiều lần.
DGH đã quyết định gửi TGM Scicluna đến Santiago để điều tra những lời buộc tội, sau khi tranh cãi bùng nổ trong chuyến thăm của ngài vào các ngày 15-18 tháng 1 ở Chile, khi đó ngài đã đáp lời một nhà báo Chile khi hỏi về vấn đề cuả GM Barros, nói rằng những lời buộc tội là "vu khống," bởi vì không có bằng chứng.
Lời bình luận trên tạo ra một làn sóng phẫn nộ từ những người chống đối GM Barros, làm cho Đức Hồng Y Sean O'Malley cuả Boston, một trong 9 cố vấn cuả giáo hoàng và đứng đầu Ủy ban bảo vệ trẻ vị thành niên, đã tuyên bố rằng lời nói đó tạo ra đau đớn cho các nạn nhân.
Khi họp báo trên đường trở lại Rome, DGH đã xin lỗi, nhưng nói them vẫn không có bằng chứng để lên án GM Barros, và rằng cho đến nay, vẫn không có nạn nhân nào ra mặt cả.
Tuy nhiên, một tuần sau khi quyết định gửi TGM Scicluna đi Chile, một trong số các nạn nhân của LM Karadima, Juan Carlos Cruz, nói với the Associated Press rằng trong năm 2015 ông ta đã gửi một bức thư cho DGH thông qua Ủy ban giáo hoàng Bảo vệ trẻ vị thành niên, cáo buộc GM Barros đã nhìn thấy những lạm dụng chả LM Karadima và có đôi khi đã tham gia.
Ủy ban giáo hoàng Bảo vệ trẻ vị thành niên đã xác nhận điều trên cho biết vị chủ tịch cuả Ủy ban là giáo chủ Hồng Y Sean O'Malley cuả Boston, đã thực sự giao thư cho DGH.
Điều bất cập trên nêu cao một sự nghi ngờ, rằng DGH đã thực sự hay không đọc những lá thư.
Trước khi đi đến Santiago ngày 19 tháng 2 để phỏng vấn các nhân chứng liên quan đến cáo buộc GM Barros, TGM Scicluna dừng lại ở New York để phỏng vấn ông Cruz. Sau đó ngài đến Santiago phỏng vấn các nhân chứng liên quan đến trường hợp GM Barros.
TGM Scicluna là một chuyên gia cuả Vatican về các trường hợp kháng cáo lạm dụng tình dục. Ngoài phận sự ở tổng giáo phận Malta, năm 2015 ngài được DGH đặt thêm nhiệm vụ giám sát một đội ngũ cuả Bộ Giáo Lý Đức Tin để xử lý các khiếu nại về giáo sĩ bị buộc tội lạm dụng. Trước đó ngài cũng đã phục vụ 17 năm trong Bộ này là Đề Xướng Viên cho Công Lý, và rất chuyên môn trong lãnh vực giáo luật liên quan đến các cáo buộc lạm dụng tình dục.
Ngoài các phỏng vấn trên vụ LM Barros, TGM Scicluna cũng đã gặp gỡ với các nạn nhân trong vụ liên quan đến các tu sĩ Brothers Marist, như vậy thì dường như phạm vi công việc cuả Ngài ở Chile đã được mở rộng hơn là sự ủy nhiệm chính thức.
Tháng 8 năm 2017, dòng Marist Brothers ở Chile báo cáo rằng một thành viên đã thừa nhận lạm dụng 14 bé trai. Do đó vào đầu năm, nhà dòng Marist bắt đầu mở cuộc điều tra các cáo buộc lạm dụng tình dục cuả một số thành viên của họ.
Trong bức thư gửi các giám mục Chile, DGH Phanxicô nói bây giờ là thời gian "thích hợp" để "đưa giáo hội Chile đi vào việc cầu nguyện."
"Bây giờ hơn bao giờ hết, chúng ta không thể rơi vào sự cám dỗ của những việc bàn cãi dông dài hoặc nhìn vào vết nhơ là một việc 'phổ quát', DGH nói, Ngài khuyên các giám mục hãy tìm đến Chúa Kitô trong những ngày và tuần sắp tới.
"Chúng ta hãy nhìn vào tấm gương cuả Chuá, đặc biệt là khi Người tỏ lộ lòng từ bi và thương xót cho những kẻ lầm lỗi. Chúng ta hãy yêu thương trong sự thật, hãy xin được sự khôn ngoan của trái tim và cho phép bản thân chúng ta được chuyển đổi."