Các Đức Giám Mục Nhật đã xin Bộ Truyền Giảng Tin Mừng Cho Các Dân Tộc cho phép nhập hai đại chủng viện của Nhật lại thành một để đỡ các chi phí quản lý.

Quyết định này đã được đưa ra trong phiên họp khoáng đại thường niên của Hội Đồng Giám Mục Nhật vì sự sụt giảm số ơn gọi và sự gia tăng chi phí điều hành cùng một lúc hại đại chủng viện ở Tokyo và Fukuoka.

Nếu được Bộ Truyền Giảng Tin Mừng Cho Các Dân Tộc đồng ý thì Đại Chủng Viện Thánh Sulpice tại Fukuoka sẽ được coi là Đại Chủng Viện duy nhất của Nhật. Hiện nay, Đại Chủng Viện Fukuoka có chương trình thần học trong ba năm, trong khi tại Tokyo có chương trình triết học trong hai năm cùng với chương trình đào tạo phó tế.

Vấn đề này đã bắt đầu được thảo luận từ 2003. Với con số chủng sinh giảm sút và chi phí không ngừng tăng cao, Hội Đồng Giám Mục Nhật lo là phẩm chất đào tạo sẽ bị ảnh hưởng. Đức Cha Yoshinao Otsuka, Giám Mục Kyoto nhận định rằng việc chia làm hai cơ sở sẽ khiến cho các linh mục trong tương lai khó biết hết các linh mục, một điều được coi là cần thiết để phát triển linh đạo trong một xã hội ít người Công Giáo như tại Nhật.

Trong lịch sử của Nhật, vào năm 1549, cha Phanxicô Xaviê dòng Tên đã đặt chân đến Nhật để triều giáo. 10% dân số Nhật đã trở thành người Công Giáo. Con số đông đảo người theo đạo này đã làm vua Toyotomi Hideyoshi lo ngại các thừa sai đang xâm lược Nhật. Hệ quả là ông ta đã đặt Công Giáo ra khỏi vòng pháp luật. Năm 1597, Toyotomi bắt 26 Kitô hữu trong đó có 6 thừa sai và 20 giáo dân, cắt lỗ tai họ và bắt đi du hành thị chúng từ Kyoto đến Nagasaki trong cái lạnh chết người của mùa đông. Tại Nagasaki, vua cho người đóng đinh các vị. Trong suốt thời kỳ bách hại nhiều Kitô hữu khác cũng bị bắt và hành hình dã man, nhiều người khác phải sống trốn tránh và lo sợ vì những cuộc ruồng bắt thường xuyên. Tuy nhiên, vào năm 1873, khi đạo Công Giáo được chính thức cho hoạt động một số nhỏ vẫn kiên vững trong đức tin.

Trong thế kỷ 20 và 21, Kitô Giáo dường như chỉ còn là một bóng mờ trong lịch sử dân Nhật đang ngày càng chịu ảnh hưởng nặng nề của chủ nghĩa vật chất.

Những báo cáo mới nhất cho thấy ngày nay, con số Kitô hữu tại Nhật đã lên đến 6% và những nỗ lực truyền giáo của Giáo Hội Công Giáo tại Nhật đang tạo ra những thay đổi đáng kể. Nam Hàn, một quốc gia kỹ nghệ với những sắc thái gần với xã hội Nhật giờ đây cũng đã có 26.3% dân số theo Công Giáo.

Giáo Hội tại Nhật với biến cố phong Chân Phước cho 188 vị tử đạo vào năm 2008 này đang tràn trề hy vọng.