Trong Thế chiến II, Nagasaki là nơi xảy ra vụ tấn công hạt nhân của Hoa Kỳ vào ngày 9 tháng 8 năm 1945, ba ngày sau khi quả bom nguyên tử Little Boy được ném xuống thành phố Hiroshima.

Vào lúc 11g 2 phút sáng ngày 9 tháng 8 năm 1945, một quả bom nguyên tử đã được ném xuống ngay ngôi nhà thờ chính tòa Urakami. Khối đá nguyên khối màu đen ở trước cửa nhà thờ vẫn còn đó để đánh dấu tâm chấn của vụ nổ.

Gió bụi mịt mù dữ dội, những tia nắng nóng lên tới vài ngàn độ và bức xạ chết người do vụ nổ nghiền nát, đốt cháy và giết chết mọi thứ trong tầm nhìn và làm toàn bộ khu vực này thành một đống đổ nát cằn cỗi.

Khoảng một phần ba thành phố Nagasaki đã bị phá hủy và 150,000 người thiệt mạng hoặc bị thương và vào thời điểm đó. Thêm vào đó, khu vực này sẽ không có thảm thực vật trong 75 năm.

6.7 triệu mét vuông chung quanh ngôi nhà thờ chính tòa bị san bằng thành bình địa.

11,574 ngôi nhà bị đốt cháy hoàn toàn:

1,326 ngôi nhà không cháy nhưng bị sụp đổ.

5,509 ngôi nhà bị hư hỏng nặng:

73,884 người chết ngay lập tức

74,909 người bị thương và chết trong vòng một tháng sau đó.

Tổng cộng có 148,793 người chết ngay lúc đó hoặc chỉ trong vòng một tháng sau.

Điều đáng nói là Urakami, và toàn bộ thành phố Nagasaki, đã từng là một trung tâm Công Giáo ở Nhật Bản trong hơn bốn thế kỷ. Người Công Giáo sống quây quần chung quanh ngôi nhà thờ chính tòa hình thành các xóm đạo để bảo vệ nhau chống lại các cuộc bách hại.

Chính vì thế, khi quả bom được thả xuống, 8,500 người Công Giáo trong tổng số 12,000 người Công Giáo đã bị giết ngay lập tức.

Ngày nay, Nagasaki là Tổng giáo phận lớn thứ hai tại Nhật với 62,265 người Công Giáo trong tổng số 1.3 triệu dân. Tức là chiếm 4.5% dân số. Tổng giáo phận có 132 linh mục, 60 nam tu sĩ không có chức linh mục và 704 nữ tu. Anh chị em giáo dân sinh hoạt trong 72 giáo xứ.

Vào ngày 4 tháng Giêng năm 2003, Thánh Giáo Hoàng Gioan Phaolô II đã bổ nhiệm Đức Cha Mitsuaki Takami làm Tổng Giám mục Nagasaki và được tấn phong vào ngày 14 tháng Giêng năm 2003.

Tại địa điểm đã bị san thành bình địa trong cuộc tấn công hạt nhân năm 1945 vào Nagasaki, mà từ chuyên môn của giới báo chí gọi là Nagaski Ground Zero, hôm nay trong buổi cầu nguyện do Đức Cha Mitsuaki Takami chủ sự, Giáo Hội tại Nhật Bản hiệp ý với Đức Thánh Cha Phanxicô và toàn thế giới cầu nguyện cho đại dịch coronavirus kinh hoàng này sớm chấm dứt, cho sự an nghỉ đời đời của những nạn nhân đã thiệt mạng, ơn an ủi và chữa lành cho các thân nhân những người bị thiệt mạng, cho các nhân viên y tế và những ai đang trên tuyến đầu chống chọi với đại dịch quỷ quái này.