Trong khi đó, nhà lãnh đạo tinh thần của phong trào Huynh đệ Hồi giáo trên toàn thế giới đã mạo hiểm hơn nữa khi châm dầu vào lửa trong tình trạng căng thẳng sắc tộc và tôn giáo ở Trung Đông khi sử dụng những lời lẽ với mầu sắc tôn giáo cao độ để kêu gọi người Sunni "thánh chiến" ở Syria.
Hôm thứ Sáu 31 tháng 5, Yusef al-Qaradawi, đang cư ngụ tại Qatar, là một nhân vật ủng hộ hàng đầu cho cuộc nổi dậy Ả Rập trong khắp vùng Trung Đông, cảnh báo rằng người Hồi Giáo Shi'ite ở Iran đang cố gắng "nuốt trọn" người Hồi giáo Sunni, là những người chiếm đa số trong thế giới Hồi giáo.
Ông gọi những người Hồi Giáo Alawites, tức là các tín đồ của giáo phái Hồi giáo đồng đạo với tổng thống Bashar al-Assad của Syria là "những kẻ ngoại đạo nguy hiểm hơn các Kitô hữu và các tín hữu Do Thái". Tránh không dùng từ Alawites, ông gọi những người Alawites là "Nusayris", một thuật ngữ có ý khinh bỉ.
Ông chỉ trích vai trò của người Hồi Giáo Shi'ite tại Iran và Li Băng đặc biệt là lực lượng dân quân Hizbollah. Hizbollah dịch ra tiếng Việt là “Đảng của Thiên Chúa”, nhưng ông gọi lực lượng này là "Đảng của Satan" vì họ hỗ trợ cho chế độ của tổng thống Assad.
Những diễn biến gần đây tại Syria chứng minh cho thấy cuộc chiến tại Syria không đơn thuần là thuộc lãnh vực chính trị, và không thể ngây thơ coi là cuộc nổi dậy đòi dân chủ tự do, nhưng thực chất là một cuộc chiến nhằm thanh trừng tôn giáo và chủng tộc. Quân thánh chiến của ít nhất là 29 quốc gia khác nhau đang có mặt để tham chiến tại Syria.
Syria là phần đất rất thân thiết với Kitô Giáo. Thật vậy, Tân Ước đã kể lại biến cố Thánh Phaolô trên đường bách hại đạo thánh Chúa tại Damascus đã bị Chúa làm cho té ngựa, bị mù mắt và sau đó đã trở lại và trở nên một tông đồ dân ngoại xuất sắc. Sách Tông Đồ Công Vụ cho thấy Thánh Phaolô và Thánh Tôma đã từng sống tại vùng Bab Tuma.
Syria đã từng là một trung tâm của Kitô Giáo, nơi đã sản sinh ra 6 vị Giáo Hoàng cho đến khi bị người Hồi Giáo cai trị từ tháng 8 năm 635 đến nay. Từ một đất nước đã có những thời kỳ có hơn 90% dân số là Kitô hữu, giờ đây, trên mảnh đất 22.5 triệu dân này tình hình đã đảo ngược. Kitô hữu chỉ còn 10%. Người Hồi Giáo chiếm 90% trong đó đông nhất là Hồi Giáo Sunni với 74%, rồi đến Hồi Giáo Alawites (16%), là một nhánh của Hồi Giáo Shi'ite.
Lịch sử cận đại của Syria đầy những bạo lực liên quan đến cuộc đấu tranh giữa hai hệ phái Hồi Giáo. Những người Hồi Giáo Alawite đã bị bách hại vì niềm tin của họ bởi các chính quyền liên tiếp của Syria, cho đến khi một người Hồi Giáo Alawite là Hafez al-Assad (thân phụ của tổng thống Bashar al-Assad) giành được chính quyền vào năm 1971. Từ đó đến nay người Hồi Giáo Sunni không ngừng nổi loạn với quyết tâm lật đổ gia đình al-Assad. Hai biến cố thê thảm nhất là cuộc nội chiến tang thương kéo dài từ giữa tháng Ba năm 2011 đến nay; và cuộc nổi dậy năm 1982 chấm dứt bằng cuộc tàn sát hàng trăm ngàn người tại Hama.